Druga z najbardziej rozpoznawanych schorzeń odkleszczowych jest chorobą o dwufazowym, jednakże niewiarygodnie ostrym przebiegu. Jest nią wirusowe zapalenie mózgu, oznaczane też skrótem KZM. Wywoływana jest przez wirusa Flaviviridae. Uważana jest za najgroźniejszą chorobę wirusową pochodzenia kleszczowego. Stwarza ona bowiem zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych oraz zapalenie mózgu.
U części zakażonych ludzi choroba może mieć początkowo łagodny przebieg, jaki może być szczerze nierozpoznawalny. Diagnoza chorobowa może być postawiona jedynie na podstawie analizy krwi.W wypadku poważnego zakażenia choroba ma przebieg dwufazowy. Pierwsza faza pojawia się pomiędzy czwartym a siedemnastym dniem od ukłucia, a objawy są podobne do przebiegu grypy.
Zauważamy tym samym podwyższoną temperaturę, negatywne samopoczucie, ból głowy, mięśni i stawów, czasami ukazują się także nudności oraz dodatkowo wymioty. Przytrafia się, iż bagatelizujemy tegoż stylu sygnały, jako że uspakajamy się, iż to jedynie chwilowa grypa. Bagatelizowanie poważniejszych znaków być może niezwykle niebezpieczne. Po paru dniach mamy do czynienia ze stanem pozornego wyzdrowienia.
Po tej przerwie chorobowej pojawiają się wysokie gorączki, silne bóle oraz zawroty głowy, światłowstręt, sztywność karku, zaburzenia świadomości oraz chwilowe utracenia przytomności. Zauważamy również drgawki oraz porażenia nerwów. W płynie mózgowo-rdzeniowym pojawiają się zapalenia, jakie są niezmiernie groźnymi objawami kolejnej fazy KZM. W tym czasie jedyną nadzieją chorego człowieka jest natychmiastowa oraz właściwa interwencja lekarza oraz hospitalizacja.
O ile choroba dojdzie tak daleko, iż zjawi się się zapalenie ośrodkowego układu nerwowego, nie jest już możliwe wyleczenie przyczynowe. Wchodzi tutaj w grę jedynie łagodzenie wyrazóz, co zostać może niezwykle nieproste oraz męczące. Czasem obserwujemy następstwa pochorobowe, którymi mogłyby zostać niedowłady kończyn bądź zanik mięśni. Aż dwa procenta przypadków zakażenia KZM kończą się śmiercią.